Le site "Val d'Allier-Alagnon" accueille 19 espèces d'intérêt communautaire :
Les poissons :
- Chabot (Cottus gobio (Linnaeus, 1758)) : Habitat non caractéristique.
- Grande alose (Alosa alosa (Linnaeus, 1758)) : 1 observée à Vichy en 2020 (année la plus mauvaise) et 0 à Langeac en 2020 (jamais observée au moins depuis 2004). Effectifs en chute libre.
- Bouvière (Rhodeus amarus (Bloch, 1782)) : Observation régulière lors des pêches électriques : 22 individus en 2020 sur Vort et Pont de Limons.
- Lamproie marine (Petromyzon marinus (Linnaeus, 1758)) : 0 à Vichy (aucune de vue depuis 2013) et 0 à Langeac en 2020 (observée 1 fois depuis 2004). Effectifs en chute libre.
- Lamproie de Planer (Lampetra planeri (Bloch, 1784)) : Habitat non caractéristique. 1 individu observé en pêche électrique à Vort en 2020, 1 autre en 2016 sur l’Alagnon.
- Saumon atlantique (Salmo salar (Linnaeus, 1758)) : Pas d’alevinage sur l’Alagnon (meilleur taux de survie que dans l’Allier : habitat de qualité – eau et substrat). 356 à Vichy en 2020 (contre 950 en 2006), 86 à Langeac en 2020 (contre 246 en 2006). Effectifs en chute libre. Problèmes de discontinuité longitudinale.
- Toxostome (Parachondrostoma toxostoma (Vallot, 1837)) : Présence douteuse (risque de confusion avec la Vandoise, hybridation possible avec d’autres espèces).
Les mammifères :
- Barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus (Schreber, 1774)) : Forte responsabilité du site : présence sur tout le site avec des populations importantes.
- Castor d’Europe (Castor fiber (Linnaeus, 1758)) : En 2008 : 3 à 5 familles, 3 à 5 sub-adultes.
- Grand / Petit murin (Myotis myotis (Borkhausen, 1797) /Myotis blythii (Tomes, 1857)) : Complexe d’espèces difficiles à différencier (hydridation possible).
- Loutre d’Europe (Lutra lutra (Linnaeus, 1758)) : Présence sur tout le site.
- Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800)) : Présence régulière sur le site mais localisée et en petits effectifs. On notera sa présence régulière en hibernation dans la Mine des Rois.
- Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774)) : Présence en hibernation dans deux petites cavités. On notera sa présence régulière en hibernation dans la Mine des Rois.
Les insectes :
- Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale (Charpentier, 1840)) : 1 station dans le site (3 autres en limite), effectifs très faibles.
- Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii (Dale, 1834)) : Présence sur l’Allier, absence sur l'Alagnon.
- Cuivré des marais (Lycaena dispar (Haworth 1803)) : Individus erratiques, pas de population installée.
- Lucane cerf-volant (Lucanus cervus (Linnaeus, 1758)) : Présence sur tout le site.
Les mollusques :
- Mulette épaisse (Unio crassus (Philipsson, 1788)) : Un individu vivant trouvé à Cournon en 2016.
Les amphibiens :
- Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata (Linnaeus, 1758)) : Un site de reproduction avec une population de 33 individus (possible 45) en 2012.